En 1898 la Asamblea autorizó al Gobernador Dionisio Arango para que se construyera "un Palacio de Gobierno digno de la importancia que merecen los representantes del pueblo antioqueño" , 27 años después de emitida esta disposición se hizo realidad.
Para avanzar en la construcción del Palacio de Gobierno el General Pedro Nel Ospina, tramitó la contratación de Agustín Goovaerts, un ingeniero arquitecto de origen Belga que se encargó de proyectar la obra. Goovaerts llegó a Medellín en 1920 y el Palacio inconcluso fue entregado en 1927.
El proyecto de Agustín Goovaerts constaba de cinco niveles, incluidos el sótano y el altillo. En esta área se distribuían 315 piezas para los diferentes despachos, un gran salón para la Asamblea Departamental, depósito, imprenta, biblioteca, archivo, museo y casa para el Gobernador. El estilo escogido fue el gótico en versión "florido" o "renacentista", muy en boga en Bélgica, durante el tiempo en que Goovaerts adelantó sus estudios de arquitectura e ingeniería.
La concepción del Palacio estuvo enmarcada en un contexto histórico caracterizado por un acelerado proceso de modernización de la estructura económica y social. Los grandes flujos de capital provenientes de empréstitos externos y de la indemnización de Panamá, la introducción de los modernos medios de comunicación, las altas tazas de crecimiento demográfico, la consolidación de una burguesía industrial y de una clase obrera, el inicio de la conversión paulatina del país rural en país urbano, la apertura hacia el exterior, la creciente preferencia de la clase dirigente regional y nacional por pensamientos, ideas y proyectos propios de la cultura europea y de la norteamericana, y la dispersión y mal estado de los despachos públicos, fueron los principales fenómenos ocurridos en los años veinte en Antioquia, que de una u otra manera, determinaron la erección de una pomposa sede gubernamental.
Desde su diseño, el Palacio se convirtió en la mayor frustración personal y profesional de Agustín Goovaerts, tanto por las demoras y alteraciones en la ejecución, como por las muchas críticas y enemigos que le granjeó.
De acuerdo con el estudio histórico de la edificación pueden distinguirse cinco etapas constructivas y vivenciales:
Etapa Inicial (1925-1930)
Empezó con la construcción de la sección sobre la calle Calibío y continuó con la de Bolívar y el bloque para archivo y Asamblea. Los trabajos debieron suspenderse por orden del Gobernador Camilo C. Restrepo, ante la gran crisis del año 29.
Etapa Blanca (1932-1936)
Luego de que en 1932 fueran reiniciados los trabajos, esta etapa constructiva abarcó la obra blanca de la unidad octogonal y del ala oriental, del taco de escaleras monumentales con sus correspondientes vestíbulos y balcones sobre la carrera Bolívar. En este período debió ser reformado el plano original de Goovaerts ya que el área de los balcones se destinó a varias piezas. Este trabajo estuvo a cargo principalmente del Ingeniero-Arquitecto Jesús Mejía. Se destaca la hermosa decoración de interiores del salón de la Asamblea, con sus múltiples "vidrieras emplomas " o vitrales, hechos por el Arquitecto Arturo Longas.
Etapa Oscura (1937-1965)
A partir de 1937 el Palacio fue "tugurizado", la generosidad de las áreas interiores y la altura en los diferentes niveles, fueron aprovechados para instalar oficinas para el despacho de la creciente burocracia del gobierno departamental. Los amplios vestíbulos del inconcluso edificio fueron cerrados con improvisados cercos y los 5 niveles prácticamente se convirtieron en 10.
Desde ese año, la administración comenzó a proyectar la construcción de otro edificio como sede de gobierno. El nuevo centro administrativo estaría localizado en los terrenos de la Estación del Ferrocarril.
Etapa Final (1966)
Abarcó básicamente la construcción de la fachada norte ante la determinación definitiva de dejar el edificio inconcluso. En el diseño de ella, se retomaron algunos elementos de la decoración original. La obra fue de los Arquitectos Gerardo Mejía, Gustavo Restrepo y Gustavo Aristizábal. En 1987 se trasladó la administración al sector de la Alpujarra y el llamado Palacio de Calibío se destinó como sede de la Dirección de Extensión Cultural de la Secretaría de Educación y Cultura de Antioquia. En este año se dio inicio a la restauración de la edificación y comenzó a llamarse Palacio de la Cultura "RAFAEL URIBE URIBE".
Etapa de Restauración (1987-1998)
El Palacio de Calibío fue y sigue siendo una marca urbana indiscutible de Medellín, por su valor constructivo, urbanístico, económico y cultural, realidad tangible y rastro perenne que queda de uno de los más interesantes y dinámicos períodos de la historia de Antioquia.
El trabajo realizado en este período comprende la restauración del edificio y la adecuación para un nuevo uso. Ya que se trata de intervenir un monumento nacional, se siguen las pautas fijadas por el Consejo de Monumentos Nacionales.